El Tribunal Supremo aclara el alcance del artículo 66 bis de la Ley General Tributaria

El Tribunal Supremo, mediante la sentencia 988/2026, de 23 de julio, ha aclarado el alcance de las facultades de comprobación de la Administración tributaria respecto de los saldos de IVA pendientes de compensación que proceden de períodos en los que ya ha prescrito el derecho a liquidar.

El litigio afectaba a una sociedad sometida a actuaciones inspectoras por el IVA correspondiente a los ejercicios 2015 a 2018. Durante el procedimiento se declaró prescrito el derecho a liquidar los tres primeros trimestres de 2015. La controversia surgió porque determinados saldos de IVA procedentes de períodos anteriores continuaban proyectando efectos sobre el cuarto trimestre de 2015, que no estaba prescrito.

La cuestión planteada ante el Tribunal Supremo era si, tras la reforma de la Ley General Tributaria efectuada por la Ley 34/2015, la Administración puede verificar la realidad y cuantía de esos saldos cuando se utilizan en un período posterior todavía susceptible de regularización.

El Tribunal responde afirmativamente y destaca la separación existente entre dos potestades diferentes: el derecho a liquidar un período y la facultad de comprobar elementos procedentes de períodos anteriores. Que haya prescrito el primero no implica necesariamente que se extinga la segunda.

En este sentido, el artículo 66 bis de la Ley General Tributaria establece un régimen específico para comprobar bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y deducciones aplicadas o pendientes de aplicación. Este régimen está sujeto al límite temporal de diez años previsto en el propio precepto. A su vez, el artículo 115 permite que las actuaciones de comprobación alcancen hechos u operaciones correspondientes a períodos prescritos cuando resulte necesario para determinar correctamente obligaciones tributarias de períodos no prescritos.

La sentencia aborda además una particularidad del IVA. Técnicamente, la normativa del impuesto se refiere a "saldos" derivados del exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las devengadas. Aun así, el Supremo considera que estos saldos constituyen, desde una perspectiva sustancial, créditos fiscales susceptibles de proyectarse sobre períodos posteriores. Por ello, quedan comprendidos dentro del régimen del artículo 66 bis LGT.

La consecuencia práctica es relevante. La prescripción tributaria impide que la Administración liquide nuevamente el período prescrito. Sin embargo, no convierte automáticamente en intangible un saldo fiscal procedente de ese período cuando se pretende utilizar posteriormente.

El Supremo fija así como doctrina que estos saldos pueden comprobarse cuando se apliquen en períodos posteriores no prescritos y su verificación sea necesaria para determinar su realidad y cuantía. Esta comprobación queda siempre dentro de los límites y condiciones establecidos en el artículo 66 bis LGT.

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